石河子大学继续教育学院、高等职业技术学院是负责石河子大学继续教育、成人学历教育、高等职业技术教育的管理机构，学院现有各级各类在册学生8千余人。

石河子大学继续教育工作始于上个世纪50年代，办学初期主要应兵团和自治区经济社会发展的需要，以各类短训班、干部进修班为主，同时开办了部分成人高等学历教育班，培养了大批基层技术人员，为兵团工农牧业、医疗卫生教育、管理人才的培养和经济的发展提供了强有力的保证。1996年石河子大学合并后组建了石河子大学成人教育学院，全面负责大学成人教育各项管理工作，从此揭开了石河子大学成人教育办学史上新的一页。2002年为突破传统的教学模式，更好的解决边远地区上学难的问题，学院申请成为中国农业大学、陕西师范大学现代远程教育学习中心，2003年开始正式招生。为更好地适应成人教育事业发展，进一步拓宽成人教育的办学功能，逐步将成人教育重点从学历教育转为非学历教育、岗位培训，2011年经批准学院正式更名为继续教育学院，统筹管理大学成人学历教育和非学历教育。石河子大学高等职业教育开办于1997年，2001年9月更名为石河子大学高等职业技术学院，与成人教育学院实行“一套班子、两块牌子，合署办公”的管理体制。

继续教育和高职教育是石河子大学人才培养体系的重要组成部分。在多年的办学过程中，学院始终坚持以兵团、地方人才需求为导向，以应用型人才培养为目标，依托石河子大学的优秀教育资源、优良的办学环境和完善的管理体系，形成了成人高等学历教育（函授、业余）、高等职业教育、现代远程教育、国际合作项目、继续教育培训等办学形式，先后开设了理、工、农、医、管、教育等多学科80多个本科和专科专业，在校外设有多个教学点、函授站。学院继承并发扬“团结、务实、求真、创新”的优良校风，因材施教、严格管理，针对新疆和兵团区域经济发展的需要，努力创造条件加快发展市场急需的专业，为新疆和兵团经济发展培养了大批“留得住、用得上，干得好”的高素质应用型人才，赢得了良好的社会声誉。