继续教育学院最早成立于1993年，前身系广东省医药学校培训科。2004年学校升格为学院后，在原培训科的基础上组建了成教培训处,2009年更名为成人教育学院，2012年更名为继续教育学院。继续教育学院现有院长1人，副院长1人，工作人员7人，承担着广东食品药品职业学院各层次成人学历教育和非学历教育工作。在学历教育方面，从2004年开始，学院开始独立招收成人函授专科生，目前在读函授专科生9000多人，毕业生近10000多人，招生专业主要包括药学、中药学、食品药品监督管理、食品营养与检测、护理、医疗器械和化妆品应用等专业。此外，学院还与中国药科大学、北京中医药大学、华南师范大学、南方医科大学、广东财经大学、深圳大学等院校合作，开展函授、远程教育、自考相沟通等形式的本科层次成人学历教育。目前，在读本科生3000余人。

在非学历教育方面，随着学院被广东省人社厅批准为广东省属农村劳动力技能培训转移就业定点培训机构、广东食品药品职业学院职业技术鉴定所、广东省专业技术人员继续教育施教机构，被团省委批准作为唯一一所高职学院并且是以大专函授形式成功加入广东省“圆梦计划”行列，被广东省食品药品监督管理局批准为广东省高级餐饮服务食品安全管理员培训机构、广东省食品药品监督管理系统公务员培训基地，被广东省卫生厅批准为广东省卫生厅继续教育培训机构，被广东省中医药局批准为广东省中医药局继续教育培训机构以来，我院培训工作取得了长足的发展，连续3年成功举办多期共3000多人参加的中医药相关培训；连续3年对深圳市药品监督管理局公务员进行9批次业务提高培训；连续2年对江门市食品药品监督管理局公务员进行5批次业务提高培训；连续2年对东莞市食品药品监督管理局公务员开展食品药品监督管理技能提高培训；连续3年对广东省监狱局餐饮管理人员400余人进行餐饮食品安全知识培训；对阳江市食品药品监督管理局100多名公务员分2批次进行培训。另外，我院还组织了广东省各厅（局）从事食品安全监督管理人员、广东省各市、县从事食品药品稽查人员、深圳市各局（部）从事药品不良反应人员、江门新会区人大代表、河源市各局、县从事食品药品安全监管人员以及十余家企业从业人员等开展食品、药品、化妆品、医疗器械等业务培训。2015年，培训工作又将更上一层楼，我院与广东省食品药品监督管理局签订了协议，对全省食品药品监管系统1300余名新进公务员分9批次进行培训；与深圳市食品药品监督管理局签订协议，分3批次对该局300名新进公务员进行业务培训；与佛山市卫计局签订协议，分4批次对该局下属医院400余人进行业务培训；与惠阳县食品药品监督管理局签订协议，对该局70余名公务员进行业务培训。 近几年来，我院平均每年培训达一万人次。培训形式多样，从公务员培训到企业员工培训、农民工上岗培训、岗位资格培训、社区人员知识普及培训、地(县)人大代表食品安全知识培训等。

在广东省人民政府、香港特别行政区、澳门特别行政区有关部门支持下，2013年我院成功举办了由粤港澳三方政府部门参加的粤港澳食品安全培训合作签字暨挂牌仪式，并在我院成立了“粤港澳食品安全培训中心”，并已成功开展粤港澳食品安全人才“一式三证”培训活动。

我院成人教育办学规范。除一如既往抓好教学质量外，对学费收缴及财务管理也进一步进行了规范。成人学生学费缴交由原各函授站统一收缴后上交学院改为学生在网上直接交给学院，避免函授站乱收学费现象；学费分成由原来的报帐制改为一票制，即由原来各函授站提供消费票据来学院财务报帐，改为由合作单位开具一张发票报帐，实行分成学费转帐单位与合同单位、发票开具单位一致。