继续教育学院是学校开展成人学历教育、自学考试、社会培训、职业技能鉴定的重要职能部门。

　　2006年经福建省教育厅批准，独立招收成人专科专业，目前设置临床医学、中医学、护理、药学、医学检验技术、医学影像技术、公共卫生管理、医药营销、康复治疗技术、中药学等10个专业。1999年起学校与福建医科大学、福建中医药大学开展成人护理学专业专升本层次合作办学。2016年起与福建医科大学、福建中医药大学开展药学、中药学、中医学、康复治疗学专业专升本层次合作办学。学校不断拓宽办学渠道，探索校院合作途径，与龙岩卫校开展合作办学，并通过2016年省教育厅评估。目前各类各层次成人教育在校生人数达2000余人。

　　学校重视高校的社会服务能力建设，受泉州市卫生计生委委托，面向泉州市开展乡村医生培训工作，每年积极配合省市卫生主管部门，开展相关业务培训。至今累计为泉州市培训乡村医生6万多人次。

　　学校积极贯彻推进双证书制度，于2003年成立泉州医学高等专科学校职业技能鉴定站，先后开展了育婴师、美容师等12个鉴定工种，鉴定站多次荣获泉州市职业技能鉴定工作先进单位。

　　2013年继续教育学院与福建医科大学成教学院联合开展自学考试本专衔接助学班，为在校生提供学历提升服务。

　　继续教育学院将抓住福建省示范性现代职业院校建设的契机，找准定位，不断提高社会服务能力。